1943
März: Habilitation an der Universität Berlin mit einer Arbeit über "Methämoglobinverbindungen".
September: Zusammen mit seiner Widerstandsgruppe wird Havemann durch die Gestapo verhaftet. Dezember: Havemann wird durch den Volksgerichtshof wegen Hochverrats zum Tode verurteilt.

1944/1945
Die Vollstreckung des Todesurteils wird immer wieder aufgeschoben. Havemann wird ein Labor im Zuchthaus eingerichtet, damit er "kriegswichtige Forschungen" betreiben kann.

1945
Befreiung aus dem Zuchhaus druch die Rote Armee.
Nach Kriegsende wird Havemann zunächst Verwaltungsdirektor des Krankenhauses Neuköln in West-Berlin und Leiter der Kaiser-Wilhelm-Institute in Berlin-Dahlem.

1946
Havemann erhält eine Professur für Kolloidchemie am Physikalisch-Chemischen Institut der neu eröffneten Ost-Berliner Humboldt-Universität. Schwerpunkte seiner Tätigkeit liegen auf Eiweißforschung, Fotochemie und bei der Entwicklung neuer physikalisch-chemischer Meßgeräte.

1948
Havemann wird als Leiter der Kaiser-Wilhelm-Institute in West-Berlin abgelöst, bleibt aber vorerst Abteilungsleiter am Instiut für Physikalische Chemie und Elektrotechnik in Berlin-Dahlem.

1949
Havemann wird in den dritten deutschen Volkskongreß, die spätere Volkskammer der DDR, als Abgeordneter des Kulturbundes gewählt und bleibt bis 1963 Volkskammermitglied.
Heirat mit Karin von Trotha. Die Ehe wird 1966 wieder geschieden.

1950
Februar: Der West-Berliner Senat entläßt Havemann fristlos aus seiner Stelle bei den Kaiser-Wilhelm-Instituten.
Ernennung zum kommissarischen Direktor des Physikalisch-Chemischen Institutes der Humboldt- Universität Ost-Berlin.
Vorsitzender des Berliner Friedenskomitees. In West-Berlin wird Havemann nach einer Aktion des Komitees kurzzeitig verhaftet.